1979
1979.09.01.~ 한국 최초 일본학연구소 개설, 초대 연구소장 정재각 교수 취임
1980.03.20. 일본학연구소개설기념 제1회 국제학술강연회
1981.12.20. 학술지 『日本學』 창간, 제1집 발행
1982
1982년 9월 제2대 소장 김사엽 박사 취임
1982.09.01~ 학술지 『日本學』 제2집(1982.12)~제9집(1989.09) 발행
제2회 국제학술대회~제15회 국제학술대회(특별기획주제 ‘한일양국문화의 특질’ 등 총14회 개최)
1991
1991년 3월 제3대 소장 신근재 교수 취임
1991.03~ 학술지 『日本學』 제10집(1991.09)~제13집(1994.08) 발행
제16회 국제학술대회~제22회 국제학술대회(특별기획주제 ‘한국과 일본의 근대화와 전통사상’ 등 총7회 개최)
1994
1994년 9월 제4대 소장 신용태 교수 취임
1994.09~ 학술지 『日本學』 제11집(1992.08)~제15집(1996.11) 발행
제23회 국제학술대회~제26회 국제학술대회(특별기획주제 ‘21세기 한일 국제화와 재일의 위상’ 등 총4회 개최)
1997
1997년 9월 제5대 소장 공로명 전 외교부장관 취임
1997.09~ 학술지 『日本學』 제16집(1997.11)~제22집(2003.12) 발행
제27회 국제학술대회~제33회 국제학술대회(특별기획주제 ‘한일역사교류의 어제와 오늘’ 등 총7회 개최)
2001.08 연구총서 『일본의 갈 길을 생각한다』 발행
2001.12 연구총서 『재일 한국인문학』 발행
2003.05 연구총서 『일본 문화의 뿌리를 찾아서』 발행
2004
2004년 5월 제6대 소장 홍윤식 박사 취임
2004.05~ 학술지 『日本學』 제23집(2004.12)~제26집(2007.12) 발행
제34회 국제학술대회~제37회 국제학술대회(특별기획주제 ‘21세기 한일간의 상생을 위한 제문제’ 등 총4회 개최)
2004.06 연구총서 『일본문학에 나타난 한국 및 한국인상』 발행
2006.12 일본 규슈대학 아시아종합정책연구센터와 공동프로젝트 기획
<동아시아의 새로운 지역공통 아이덴티티의 형성에 관한 실증적 종합연구>
2007.01 중국 사회과학연구소 일본연구소와 학술교류협정 체결
2008
2008년 7월 제7대 소장 남근우 교수 취임
2008.07~ 학술지 『日本學』 제27집(2008.11)~제33집(2011.11) 발행
제38회 국제학술대회~제45회 국제학술대회(특별기획주제 ‘재일코리안의 초국가주의’ 등 총8회 개최)
2010.12 학술지 『日本學』 한국연구재단 등재후보지 선정
2011.07 한림대학교 일본학연구소와 학술교류협정 체결
2012
2012년 3월 제8대 소장 김환기 교수 취임
2012.03~ 학술지 『日本學』 제34집(2012.05)~제43집(2016.11) 발행
제46회 국제학술대회~제52회 국제학술대회(특별기획주제 ‘재조일본인의 사회사’ 등 총7회 개최)
2013.01 학술지 『日本學』 한국연구재단 등재지 선정
2013.12 연구총서 『제국과 식민지의 주변인』 발행
2014.12 번역총서 『후쿠자와유키치의 젠더론』 간행
2015.10 번역총서 『火山島』 간행
2016.03 번역총서 『‘재일’이라는 근거』 간행